解放日报•上观新闻报道：“我们从一份没有开封的鱼体表面，通过测序得到了覆盖55%的基因组序列。通过比对，发现和在新发地市场测得的流行毒株序列是一致的，这就提示进口冷链食品可能是新冠病毒的传播载体，这也是第一次提出这个问题。随后国内多个地区在冷链食品表面检测出新冠病毒核酸，中国疾控中心后来在青岛的冷链食品表面分离出了新冠病毒。”12月27日，中国医学科学院-北京协和医学院副院长王健伟，在2020未来科学大奖周“病毒与人类健康”主题论坛上说。

王健伟介绍，近年来，高通量的宏基因组测序技术逐渐得到应用，特别是在病原体的诊断中，发挥了“一锤定音”的作用。这一测序技术，也用于了北京新发地疫情溯源。

北京在今年6月10号之前已连续56天没有当地新发新冠肺炎病例。6月11号突然发现一个病例，通过对患者轨迹的追溯，北京有关部门对他的密切接触者和接触的环境样本进行了检测，发现两份来自新发地农贸市场的样本核酸检测阳性。在这个基础上，对新发地进行了扩大检测，在538份样本中检测出45份阳性。因此，北京市有关部门在6月13号果断关闭了新发地市场。

新发地是北京最大的农贸市场，有超过5千以上的摊位，每天的客流量在5万人以上。北京市有关部门对新发地的员工进行了筛查，发现在3300多位员工中有169位新冠病毒核酸阳性。从5月底到关闭市场之前的10多天中，有55万顾客到访过新发地。通过对他们的追踪，发现103例是新冠病毒核酸阳性。在这个基础上，对全市1000万人进行了筛查，发现96人是阳性。截至7月10日，总共发现了368名感染者。

病毒究竟是什么时候进入新发地市场的？王健伟介绍，他们把所有病例做了一个时间分布图。新冠病毒感染的潜伏期一般在14天以内，从6月初的病例往前推断，应该是在5月底病毒侵入到了市场中。这些病例基本上都和新发地有直接或间接关系，所以新发地是这次疫情唯一的来源。

既然新发地是疫情的来源，那么它的源头是在哪里？北京市有关部门对新发地内环境样本和从业人员进行了检测，其中对交易大厅检测了584个人，其中122人阳性，阳性率高达20.9%。对市场的其他厅检测了2727人，其中47人阳性，阳性率只有1.7%。因此交易大厅引起了高度关注。交易大厅分成几个区，包括海鲜区、展柜区、豆制品区和牛羊肉区。通过对这几个区的分析发现，海鲜区的检出率是最高的，高达50%以上。“我们对一些摊位的环境样本和人员样本进行了检测，发现有14个摊位的工作人员和环境样本都是阳性的，所以就把这14个摊位作为研究重点。”

他们对从5月下旬到6月12日之间到访这14个摊位的3200多名顾客进行了抗体检测，发现5位顾客的抗体是阳性的，恰好这5位顾客在5月30日和31日都到访过S14这个摊位，而且这5位顾客和他们的密切接触者，14天内都没有到访过其他中高风险地区，也没有接触过来自中高风险地区的人员，所以可以排除是外来的感染。在这个基础上，对他们到访的摊位进行了研究，显示S14摊位感染的比例是最高的，7个员工全部都感染了，而且抗体的阳性率也是最高的。另外，从发病的时间来看，他们的发病时间在感染者当中也是比较早的。这个摊位的所有工作人员14天以内都没有到访过其他中高风险地区，也没有接触过来自中高风险地区的人员，所以提示S14摊位可能是感染的源头。

既然环境样本可能造成暴露，那么病毒是从哪儿来的呢？把流行病学和测序技术相结合的基因组流行病学，对于追踪传染的来源是一个非常有用的工具。但在环境样本中，病毒含量特别低，而且样本量又非常大，通过高通量测序有一定困难。在北京大学谢晓亮教授和清华大学王建教授支持下，测序速度加快了；另外，还建立了基因组富集的方法，使载量很低的样本能够得到有效测序。

“基于这样一个技术体系，我们通过合作，对110份新冠病毒阳性的感染者和环境样本进行了病毒基因组测序，得到了72条高质量的全基因组序列，包括56条感染者的基因组序列和16条环境样本的基因组序列。”王健伟介绍，对于这些序列进行分析发现，每一条序列上都有8个突变的位点，其中53%的序列只有这8个突变，其余的序列还有其他一些突变，这就说明这些突变是单一的来源，从病毒基因组的层面也证明新发地的感染是单一来源的。

在这个基础上，他们做了病毒的进化树分析，就像“排家谱”，看看谁跟谁更近。他们发现，来自北京新发地的序列和北京在3月份之前流行的毒株、当时在黑龙江和吉林流行的毒株都不一样，但和在国外流行，特别是在欧洲等地流行的毒株突变位点是相同的，说明这个毒株不是来自于国内，而是来自于境外。

那么境外又是从哪儿来的？市场里有两个摊位售卖三文鱼，其中一个摊位没有病例，而另一个S14摊位是自己在市场内切割，员工全部感染，并且他们卖的商品中只有三文鱼是从境外进口的。为了进一步追溯感染的来源，他们对三文鱼进行了检测。S14摊位在5月30号曾经购入一家公司从境外进口的三文鱼。研究人员再对市场内所有三文鱼供应商仓库的3000多份三文鱼进行了检测，发现6份是阳性，其中5份来自X公司。因为5月30号S14号摊位购入的三文鱼已经卖完了，所以无法得到鱼的样本。但是研究人员从一份没有开封的鱼体表面，通过测序得到了覆盖55%的基因组序列。通过比对发现，与在新发地测得的流行毒株序列是一致的，也有相同的基因突变位点。“尽管因为样本原因没有分离到这个病毒，无法证明它的感染性，但这可以提示进口的冷链食品可能是病毒的传播载体。”

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宏基因组技术用于病原体的检测有许多优势：

一是和PCR这些序列依赖的方法相比，它不需要预知任何病原体序列信息就可以进行检测。

二是病原体检测的灵敏度比较高。

三是检测的通量高，可以同时检测上万种病原微生物，也可以发现可能的共感染。

四是检测效能高，通过一次测序就可以拼接出病原体的基因组序列，不需要再重复进行实验。

五是可以同时分析病原体的变异和耐药等情况。

六是获取的信息全，除了获取病原的序列之外，还可以获取宿主的基因组和转录组信息，为预警和临床诊疗提供基础。